Нужно ли проставлять среднегодовую ставку сотруднику, если он находится в отпуске без сохранения заработной платы?

Нет, не нужно. В данном случае необходимо поставить галку “Отпуск 1 семестр” или “Отпуск 2 семестр”. После чего у выбранного сотрудника ставка за семестр будет равна 0,010.